有两个，南京和北京。

明朝一开始定的首都是应天（南京），永乐年间才迁到北平（北京）的。

洪武三十一年(1398年)，建文帝与亲信大臣齐泰、黄子澄等采取一系列削藩措施。与此同时，也在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。

朱棣于建文元年(1399年)起兵反抗，随后挥师南下，史称"靖难之役"。靖难之役后，朱棣将明朝的都城迁到了北京，因为朱棣的老巢就在北京这边。

明朝后期的都城 扩展

明朝朱元璋的时候是南京 朱棣以后就变成北京了

明朝后期的都城 扩展

明代都城先后有京都南京、北京开封、中都凤阳、京都北京几处。世宗时还曾以其父兴献王封地湖广安陆府为兴都。